27日，上海、深圳、东京等地船运公司称，上周（20日当周）中国海关开始提高中日进出口商品的现场检查比例，某些情况下甚至需100%检查。通常海关仅对贸易商品做少量抽查，其比例仅为10%。

在日本检方24日释放被扣押的中国渔船船长后，中国反日情绪依然高涨。这起扣押事件只是两国岛屿领土争端缩影。

中国当局放缓海关监察可能是种愤怒表现，不过物流企业表示它们并不确定加强检查原因所在。放缓恰逢中国中秋三天国定假，期间企业和政府活动通常会放缓但不会停止。日本上周同样放假。

中国是日本最大贸易伙伴，日本方面数据显示，上半年两国进出口规模约为1,380亿美元。清关持续放缓至少可能暂时干扰两国企业活动。

27日，受访发货商称眼下增加检查将在很大程度上形成阻碍，商品清关可能延迟。

中国海关北京总部发言人拒绝置评。上海海关发言人表示未得到相关信息。北京当地海关官员表示，“未对日本往来贸易货物采取更严格检查措施”，“日本往来货物与其他货物同等对待”。其他城市海关电话无人接听。

深圳腾龙物流（Shenzhen Tenglong Logistics Co.，音译）业务经理表示，公司所有日本航线货物都要接受检查。她表示：“目前公司中日进出口业务几乎停止。”星青（上海）国际贸易公司（Blue Express （Shanghai） International Trade Inc.）一位经理表示，该公司货物检查率约为50%，平时仅为10%到20%。

日本方面。日本通运公司（Nippon Express Co.）表示，近几天该公司由日本出口至上海、北京及中国其他城市的货物在当地的检查率由平时10%到20%大幅升至30%到40%。

不过这一变化似乎并未影响所有中日贸易。上海锐诺物流公司（Shanghai Morepro Int'l Logistics Co.，音译）一名经理表示未看到任何影响。日本煤炭开发公司（Japan Coal Development Co.，由日本公用事业企业持股10%的合资企业）官员表示没有看到放缓，但他担心如果控制措施继续在位，公司未来煤炭货物将受影响。该官员表示：“9月货物已经收到，（但）我们非常担忧10月交付情况。”

23日，稀土业分析人士称中国已停止向日本出口稀土矿物，这或许与上述中国通关放缓情况有关。在稀土贸易受困背景下，媒体纷纷报道中国已禁止稀土出口以报复日本扣留中国渔船船长，这些报道亦令国际社会对中国近乎垄断稀土资源这一现状感到担忧。稀土是生产电动汽车电池及其他高科技和国防产品必要原料。

中日两国政府均否认稀土贸易遭禁，上述清关延长问题原因依然不明。